[發明專利]一種基于二代測序的腫瘤單樣本TMB檢測方法及裝置在審
| 申請號： | 202011050601.5 | 申請日： | 2020-09-29 |
| 公開（公告）號： | CN112116956A | 公開（公告）日： | 2020-12-22 |
| 發明（設計）人： | 但旭;李淼;胡鄖波 | 申請（專利權）人： | 深圳裕策生物科技有限公司 |
| 主分類號： | G16B30/10 | 分類號： | G16B30/10;G16B20/50;G16B50/00;C12Q1/6858 |
| 代理公司： | 深圳市恒申知識產權事務所(普通合伙) 44312 | 代理人： | 龍丹丹 |
| 地址： | 518000 廣東省深圳市鹽田區海山*** | 國省代碼： | 廣東;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 基于 二代 腫瘤 樣本 tmb 檢測 方法 裝置 | ||
1.一種基于二代測序的腫瘤單樣本TMB檢測方法，其特征在于，包括如下步驟：
對由腫瘤組織樣本中提取的DNA進行二代測序分析，得到測序結果；
對所述測序結果進行數據過濾，并與參考基因組進行比對，得到比對結果；
根據比對結果確定DNA樣本中單個核苷酸和插入缺失變異結果；
對所述變異結果進行假陽性和胚系數據庫過濾，得到過濾后的突變結果；
對所述突變結果進行數據過濾，得到體細胞突變結果；
根據所述體細胞突變結果計算TMB值。
2.根據權利要求1所述的基于二代測序的腫瘤單樣本TMB檢測方法，其特征在于，所述根據比對結果確定DNA樣本中單個苷酸和插入缺失變異結果包括：
根據雜合多肽位點的突變頻率和深度信息，得到腫瘤樣本純度、拷貝數和倍體數；
利用所述純度、拷貝數和倍體數，通過式I、式II預測樣本DNA各區域的胚系及細胞突變頻率，其中，式I為：
式II為：
其中，C是拷貝數；Ψ是倍體數；p是純度；Mi是突變型等位DNA片段的拷貝數；σri是CBS得到的片段Si中log值的標準差；σfi為片段Si中snp位點的頻率。
3.根據權利要求1所述的基于二代測序的腫瘤單樣本TMB檢測方法，其特征在于，對所述測序結果進行數據過濾，并與參考基因組進行比對，得到比對結果包括：
利用正常組織樣本突變結果構建參考基因組數據庫；
將所述測序進行數據過濾，并與所述參考基因組數據庫內的突變結果比對，統計出現次數大于或等于5次的突變結果，構建用于過濾假陽性突變的數據庫。
4.根據權利要求3所述的基于二代測序的腫瘤單樣本TMB檢測方法，其特征在于，對所述變異結果進行假陽性和胚系數據庫過濾，得到過濾后的突變結果包括：篩選出突變頻率大于或等于5％的突變結果。
5.根據權利要求4所述的基于二代測序的腫瘤單樣本TMB檢測方法，其特征在于，對所述變異結果進行假陽性和胚系數據庫過濾，得到過濾后的突變結果還包括：
去除在所述突變數據庫中出現次數大于5次的突變結果；
去除被判定為生殖系的突變結果；
去除在HLA區域的突變結果。
6.根據權利要求5所述的基于二代測序的腫瘤單樣本TMB檢測方法，其特征在于，所述體細胞突變結果包括突變數和探針測序覆蓋編碼區域的大小，所述TMB值通過如下方式計算得到：TMB＝突變數/探針測序覆蓋編碼區域的大小。
7.根據權利要求6所述的基于二代測序的腫瘤單樣本TMB檢測方法，其特征在于，所述分析結果包括突變位置、突變頻率、突變類型、突變所在鏈信息中的至少一種。
8.一種基于二代測序的腫瘤單樣本TMB檢測裝置，其特征在于，包括：
測序分析模塊，對由腫瘤組織樣本中提取的DNA進行二代測序分析，得到測序結果；
過濾比對模塊，對所述測序結果進行數據過濾，并與參考基因組進行比對，得到比對結果；
變異結果確定模塊，用于根據比對結果確定DNA樣本中單個核苷酸和插入缺失變異結果；
變異結果過濾模塊，用于對所述變異結果進行假陽性和胚系數據庫過濾，得到過濾后的突變結果；
突變結果過濾模塊，用于對突變結果進行數據過濾，得到體細胞突變結果；
計算模塊，用于根據所述判定信息結果計算TMB值。
9.一種終端，其特征在于，包括：存儲裝置及一個或多個處理器，所述存儲裝置用于存儲一個或多個程序，其中，當一個或多個所述程序被一個或多個處理器執行時，使得一個或多個所述處理器執行如權利要求1-7任一項所述的方法。
10.一種計算機可讀存儲介質，其特征在于，所述計算機可讀存儲介質上存儲有可執行指令，所述可執行指令被執行時執行如權利要求1-7任一項所述的方法。
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