[發明專利]與豬肌內脂肪含量性狀相關的分子標記及其應用

在審

• 申請號: 202010047313.8
• 申請日: 2020-01-16
• 公開（公告）號: CN111041110A
• 公開（公告）日: 2020-04-21
• 發明（設計）人: 馬云龍;趙書紅;彭夏;楊翔;付川珂;張凱麗;李新云;劉向東;施亮;趙云翔;李家連
• 申請（專利權）人: 廣西揚翔股份有限公司;華中農業大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11;G16B20/00
• 代理公司: 廣西中知科創知識產權代理有限公司 45130
• 代理人: 牙斐穎

本發明涉及分子標記技術領域，特別涉及與豬肌內脂肪含量性狀相關的分子標記及其應用，具體涉及兩個分別位于USF1基因和IGSF8基因中與豬肌內脂肪含量性狀相關的分子標記以及位于豬4號染色體上兩段與該性狀相關的選擇信號區域及其應用。通過應對豬的DNA數據進行基因分型，獲得SNP分型數據；基于F_ST和XPEHH選擇信號檢測方法，通過構建梯度變化群體對，鑒別出兩段位于豬4號染色體上與肌內脂肪含量性狀相關的選擇信號區域，篩選出兩個與該性狀相關的分子標記，利用該標記能針對豬的肌內脂肪含量性狀開展標記輔助選擇。

【技術領域】

本發明涉及豬分子標記篩選技術領域，具體涉及與豬肌內脂肪含量性狀相關的分子標記及其應用。

【背景技術】

豬肉質性狀是一項重要的經濟性狀，一直是育種工作者關注的重點。肌內脂肪含量作為重要的肉質性狀，在很大程度上決定了豬肉的口感、風味與品質，具有重要的經濟價值(Zhang et al.2019)。在長期追求瘦肉型豬的育種過程中，通過背膘厚性狀的選擇使得豬瘦肉率得到極大的提高，然而在商業豬品種中豬肉的口感、風味與品質均出現不同程度的降低。如何提高豬肉品質，生產肌內脂肪含量高、優質美味的豬肉是當前市場的需求，也是育種工作的重要目標。然而，肉質性狀需要屠宰后測定，屬于難于度量的性狀范疇，在遺傳改良中具有較大的難度(Ma et al.2018)?，F階段主要的思路是：通過標記輔助選擇或基因組選擇方法對肌內脂肪含量等肉質性狀進行遺傳改良，但目前與豬肌內脂肪含量性狀相關的分子標記依然十分有限。

本發明利用F_ST(Weir et al.1984)和XPEHH(Sabtebi et al.2007)兩個群體間選擇信號的檢測方法，針對大白豬肌內脂肪含量性狀，通過構建3個表型梯度變化群體對，準確定位出肌內脂肪含量性狀特異的選擇信號關聯位點，確定潛在的性狀特異選擇信號候選區域，結合數據庫挖掘等生物信息分析手段準確定位了位于4號染色體上兩個重要的SNP標記與兩個基因片段與肌內脂肪含量性狀密切相關。目前上述成果尚未見報道，因此該標記的發現對于豬肉質性狀的遺傳改良具有潛在的重要價值。

【發明內容】

鑒于上述內容，有必要提供與豬肌內脂肪含量性狀相關的分子標記及其應用，該分子標記能應用于篩選肌內脂肪含量高/低的豬，為豬的肌內脂肪含量選擇和提高提供了新的分子標記基礎。

為達到上述目的，本發明所采用的技術方案是：

與豬肌內脂肪含量相關的分子遺傳標記，，所述的分子遺傳標記至少包括以下標記之一：

標記一：位于豬第4號染色體第89398587位核苷酸，該位點的堿基為G或A，對應核苷酸序列表SEQ ID NO.1的第51位堿基；(rs55617884)

標記二：位于豬第4號染色體第90378144位核苷酸，該位點的堿基為T或C，對應核苷酸序列表SEQ ID NO.2的第51位堿基。(rs80782100)

進一步的，所述豬第4號染色體的第89398587位堿基為G的純合體時，為GG型；所述豬第4號染色體的第89398587位堿基為A的純合體時，為AA型；所述豬第4號染色體的第89398587位堿基為G和A的雜合體時，為GA型；所述豬第4號染色體的第90378144位堿基為C的純合體時，為CC型；所述豬第4號染色體的第90378144位堿基為T的純合體時，為TT型；所述豬第4號染色體的第90378144位堿基為C和T的雜合體時，為TC型。

進一步的，所述AA型基因的豬其肌內脂肪含量高于GA型和GG型；所述TC型基因的豬其肌內脂肪含量高于TT型和CC型。

用于擴增所述分子遺傳標記的引物或鑒定所述分子遺傳標記的探針。

含有所述引物或探針的試劑盒。

本發明還包括所述分子遺傳標記在高或低豬肌內脂肪含量品種或品系選育中的用途。